Финансовые показатели работы железных дорог в рассматриваемом периоде в целом тоже были удовлетворительными, за исключением 1996 года, который МПС закончило с отрицательной рентабельностью (-1,5 %). Проблема убыточности была решена за счёт жёстких мер по сокращению эксплуатационных расходов, основанных в т.ч. на сокращении персонала. За 1997-1999 г.г. общее число занятых в отрасли сократилось на 438 тыс. человек (с 2142,7 тыс. чел. до 1704,7 тыс. чел.) или на 20 %, а на конец 2002 года среднесписочная численность работников составила 1555,0 тыс. чел., из них в основной деятельности - 1222,2 тыс. чел.

К основным проблемам отрасли, требующим системного решения, относятся:

1) Физическое и моральное старение технических средств.

2) Критический уровень заполнения пропускных способностей на ряде важнейших участков.

3) Крайне низких уровень транспортного обеспечения целого ряда регионов и отсутствие транспортной доступности перспективных месторождений и точек экономического роста, прежде всего в восточных и северных районах страны. А семь субъектов РФ не имеют железных дорог вообще.

4) Существенное отставание отечественной железнодорожной техники и технологий от уровня передовых стран мира из-за низкого уровня инвестиций в железнодорожный транспорт последние два десятка лет.

5) Не полностью реализованы возможности взаимодействия железнодорожного транспорта с отечественным транспортным машиностроением, приборостроением и связью.

6) Отсутствует необходимая комплексность в координации развития с другими видами транспорта.

Правительство принимает меры и разрабатывает эффективные программы для развития железнодорожного транспорта. Разработана «Программа развития скоростного и высокоскоростного движения».

«Основными задачами Программы, направленными на достижение поставленных целей являются:

- развитие производства нового поколения скоростного и высокоскоростного подвижного состава;

- выбор полигона скоростного и высокоскоростного движения пассажирских поездов;

- организация скоростного и высокоскоростного движения пассажирских поездов на приоритетных направлениях сети железных дорог;

- создание технических средств для скоростного и высокоскоростного движения»;

- подготовка кадров для обеспечения скоростного и высокоскоростного движения.

В Программе разработаны три комплекса мероприятий по повышению скоростей движения на железнодорожном транспорте:

1. Повышение маршрутных скоростей дальних пассажирских поездов до 70-90 км/ч, следующих на расстояния более 700 Проект от 22.05.2007 «Основные направления стратегии развития железнодорожного транспорта России на период до 2030 года», км. Обслуживание будет осуществляться пассажирскими вагонами со спальными местами.

2. Организация скоростного железнодорожного движения после реконструкции действующих линий между крупными региональными центрами скоростными поездами, маршрутная скорость которых находится в пределах до 160-200 км/ч, и время поездки не превышает 7 часов.

В числе угроз безопасности в сфере перевозочной деятельности железнодорожной отрасли можно выделить:

- снижение уровня безопасности перевозочного процесса, обусловленное низкой надежностью эксплуатируемой техники;

- высокий физический и моральный износ материально-технической базы вследствие снижения темпов обновления и инвестиционной активности;

- снижение эффективности организации и управления перевозочным процессом ввиду недостаточного внедрения элементов доминирующего технологического уклада, прежде всего современных информационных технологий.