Значительная часть предусмотренных организационных преобразований была реализована. Систему организации пригородных железнодорожных перевозок составляю четыре ключевые группы субъектов:

- Федеральные органы исполнительной власти – основные задачи: регулирование доступа к инфраструктуре железнодорожного транспорта общего пользования для перевозчиков; регулирование тарифов на оказание услуг по использованию инфраструктуры железнодорожного транспорта общего пользования;

- ОАО «РЖД» - предоставление услуг по использованию инфраструктуры железнодорожного транспорта общего пользования; эксплуатация, техническое обслуживание и предоставление под перевозку подвижного состава с локомотивными бригадами;

- Субъекты РФ – организация транспортного обслуживания населения в пригородном сообщении; регулирование тарифов на пригородные пассажирские перевозки; заказ объемов перевозок у пригородных пассажирских компаний;

- Пригородные пассажирские компании (далее – ППК) – осуществление непосредственно перевозочной деятельности с использованием инфраструктуры и подвижного состава; обслуживание пассажиров, продажа билетов, контроль над оплатой проезда.

Часть положений Программы структурной реформы на железнодорожном транспорте не была реализована. Для осуществления пригородных перевозок были созданы 26 ППК (без учета полностью частных компаний ООО «Аэроэкспресс» и ООО «Пермский экспресс») по географическому признаку таким образом, что большинство ППК осуществляют перевозочную деятельность на территории более чем одного субъекта РФ. В то время в числе акционеров ППК представлены только 26 администраций из 73, в которых существует пригородное сообщение. Многие субъекты РФ не вошли в число собственников ППК, в пяти из 26 компаний доля ОАО «РЖД» составляет 100%. Неучастие субъектов РФ в управлении ППК ограничивает их в инструментах проведения единой политики в сфере организации пассажирских перевозок в пригородном сообщении.

На сегодняшний день ППК – это административные структуры, практически не обладающие никакой материально-технической базой, за исключением кассового оборудования, используемого для продажи билетов. ППК могут влиять только на 20% своих расходов ( на продажу билетов, содержание штата кассиров и контролеров, общехозяйственные расходы). Остальные 80% составляет оплата услуг ОАО «РЖД» - примерно поровну на предоставление подвижного состава (аренда, управление, эксплуатация, техническое обслуживание, ремонт) и на использование инфраструктуры железнодорожного транспорта общего пользования. Тарифы на услуги инфраструктуры регулируются Федеральной службой по тарифам, а ставки на предоставление подвижного состава определяются ОАО «РЖД» на основании их собственных расчетов. Услуги ОАО «РЖД» облагаются НДС по ставке 18%, в то время как сами пригородные перевозки НДС не облагаются, т.е. пассажиры этот налог не платят. Это также увеличивает расходы ППК.

Действующая нормативная база слабо наделяет субъекты РФ полномочиями по регулированию тарифов на пригородные поезда, но не содержит норм, обязывающих региональные администрации устанавливать тарифы и предусматривать субсидии, в полном объеме компенсирующие выпадающие доходы перевозчиков при назначении тарифов ниже себестоимости перевозки в соответствии с фактическими объемами транспортной работы.

Таким образом, можно сделать вывод: реформа железнодорожного транспорта в части, касающейся пригородного сообщения, не была доведена до логического конца. Негативные результаты реформы отражает тот факт, что под влиянием нерешенных организационных проблем за последние 5 лет объемы вагонно-километровой работы в пригородном сообщении в целом по России снизились практически на 20%: с 1,67 млн ваг.-км. В 2007 до 1,33 млнваг.-км. В 2011 г. Следовательно, в среднем, каждый пятый пригородный поезд в России был отменен.

К ключевым неурегулированным вопросам можно отнести: