В России действует четко организованная система учета природных ресурсов и система платежей за использование природных ресурсов.

Учет природных ресурсов осуществляется через систему кадастров природных ресурсов. Кадастры природных ресурсов - это свод экономических, экологических, организационных и технических показателей, характеризующих количество и качество природного ресурса, а также состав и качество природопользователей.

Для субъектов хозяйственной деятельности (юридических и физических лиц) платным является пользование всеми основными природными ресурсами: земельными, лесными, водными, объектами животного мира и водными биологическими ресурсами (прежде всего рыбными), месторождениями полезных ископаемых.

Платежи за пользование недрами, акваториями и участками морского дна устанавливаются в соответствии с Законом РФ «О недрах». Они включают: платежи за право пользования, разведку, добычу полезных ископаемых, строительство подземных сооружений (не связанных с добычей полезных ископаемых), захоронение вредных веществ; отчисления пользователей недр на воспроизводство минерально-сырьевой базы; акцизные сборы; сборы на выдачу лицензий на недропользование.

Платежи за право пользования недрами (роялти.) устанавливаются в зависимости от экономической опенки и качества месторождений полезных ископаемых и определяются как процентная доля от стоимости добытого минерального сырья (точнее, валовой выручки). Эта процентная доля дифференцируется. Для нефтяных компаний она составляет от 6 до 16% при среднем уровне 8%. Величина платежей закрепляется в лицензионном договоре. Плата за недра поступает в бюджеты различных уровней. Порядок централизации средств и их распределения между бюджетами зависит от вида недропользования. Например, при добыче так называемых общераспространенных полезных ископаемых (песок, гравий, глина, торф и т.п.) 100% роялти поступает в местные бюджеты. При добыче не общераспространенных полезных ископаемых пропорция распределения платежей между федеральным, региональным и местным бюджетами составляет, соответственно, 25, 25 и 50%. Платежи за пользование недрами континентального шельфа поступают в региональный бюджет (60% от общей суммы среды) и федеральный бюджет (40%).

Отчисления на воспроизводство минерально-сырьевой базы осуществляются пользователями недр, добывающими все виды полезных ископаемых, разведанных за счет государственных средств. Эти отчисления тоже по сути имеют налоговую форму. Они устанавливаются по единым ставкам для всех пользователей недр, добывающих данный вид минерального сырья, в процентах от так называемой чистой выручки (стоимость добытого сырья за минусом НДС и акцизов). Процентная доля может меняться в соответствии с вносимыми в законодательство изменениями. Так, в середине 90-х годов российские нефтяные компании вносили 10% от чистой выручки в виде налога на воспроизводство минерально-сырьевой базы. Отчисления на воспроизводство минерально-сырьевой базы являются элементом издержек производства горнодобывающих предприятий и включаются в себестоимость их продукции. Отчисления направляются в федеральный бюджет и бюджет субъектов Российской Федерации и используются по целевому назначению для финансирования работ по государственному геологическому изучению недр и воспроизводству минерально-сырьевой базы. С этой целью в составе бюджетов утверждаются соответствующие федеральные и региональные государственные программы.

На отдельные виды минерального сырья, добываемого из месторождений с относительно лучшими горно-геологическими и экономико-географическими характеристиками, законодательством России предусмотрено введение акцизов. В настоящее время акцизы установлены, в частности, на нефть, включая газовый конденсат. Ставки акцизов вводятся Правительством РФ с последующей индексацией. Так, акциз на природный газ впервые был введен в 1993 г. в размере 15 % от стоимости реализованного газа газосбытовым предприятием непосредственным потребителям. С 1 сентября 1995 г ставка акциза была повышена до 30%. Акциз аналогичным образом взимается при реализации нефти и газового конденсата, а также природного газа на экспорт. Все разновидности акцизов поступают в бюджеты.