Имеет определенные особенности механизм платного недропользования для предприятий, осуществляющих свою деятельность в соответствии с Федеральным законом «О соглашениях о разделе продукции» (1995 г., с изменениями и дополнениями от 7 января 1999 г.). Этот закон призван обеспечить правовые гарантии и стимулировать привлечение дополнительных инвестиций, в том числе иностранных, в поиск, разведку и добычу минерального сырья на территории Российской Федерации, континентальном шельфе и в пределах ее исключительной экономической зоны, а также в проведение природоохранных мероприятий. С этой целью в течение срока действия соответствующего соглашения инвестор освобождается от взимания налогов, сборов, акцизов и иных обязательных платежей, за исключением налога на прибыль, платежей за пользование недрами, обязательных платежей по социальному и медицинскому страхованию, а также в Государственный фонд занятости населения РФ. Взимание этих налогов, сборов и платежей заменяется разделом продукции на условиях соглашения.
Платежи за пользование лесным фондом в соответствии с Лесным кодексом РФ имеют две основные разновидности:
1) лесные подати;
2) арендная плата.
Лесные подати взимаются при краткосрочном пользовании участками лесного фонда, арендные платежи - в случае их аренды. Отметим сразу, что в России пока преобладают среднесрочные договоры аренды на срок до 5 лет, что не создает заинтересованности в проведении арендаторами лесовосстановительных мероприятий. Ставки лесных податей устанавливаются либо за единицу лесного ресурса, либо (по отдельным видам лесопользования) - за гектар находящихся в пользовании участков лесного фонда. Арендная плата определяется на основе ставок лесных податей. При установлении ставок платы за древесину, отпускаемую на корню (лесных податей), значительными правами обладают субъекты Российской Федерации. Централизованно Правительством РФ определяются лишь минимальные ставки этих платежей.
Платежи за пользование лесным фондом имеют, таким образом, рентную природу. Они поступают в бюджеты всех трех уровней и используются, как это определено законодательством, для финансирования органов управления лесным хозяйством, а также на охрану и воспроизводство лесных ресурсов. Однако, поскольку законом лесным платежам не придан статус целевых средств, централизуемые в результате их взимания средства могут использоваться не по назначению. Это и происходит на практике, особенно в условиях бюджетного дефицита, и приводит к хроническому недофинансированию лесоохранных и лесовосстановительных работ.
Одним из направлений налоговой реформы, реализуемой в настоящее время в России, является увеличение в общей сумме налоговых поступлений в бюджет платежей (налогов) за природные ресурсы. Этим целям, в частности, служит уточнение ранее применявшегося порядка платного природопользования и введение ряда новых платежей. Так, с 1998 г. в России впервые были введены платежи за животный мир. Кроме того, Федеральным законом «О плате за пользование объектами» (1998) расширен перечень ранее применявшихся платежей за воду. В настоящее время плата взимается за: забор воды из водных объектов; удовлетворение потребностей в воде гидроэнергетики; использование акватории водных объектов для лесосплава, добычи полезных ископаемых, организованной рекреации, размещения плавательных средств, коммуникаций, зданий, сооружений, установок и оборудования для проведения буровых, строительных и иных работ; осуществление сброса сточных вод в водные объекты.
При этом минимальные и максимальные ставки платы за пользование водными объектами по бассейнам рек, озер, морям, экономическим районам России устанавливаются централизованно Правительством РФ, Так, в настоящее время за забор из поверхностных водных источников
1 тыс. м3 воды минимальная и максимальная ставки соответственно равны 30,0 - 176,0 руб. На этой основе законодательными (представительными) органами субъектов Российской Федерации определяются конкретные ставки платы по категориям плательщиков в зависимости от вида пользования водными объектами, их состояния и т.п. Сумма платы включается в себестоимость продукции (работ, услуг).