Платежи за забор воды из водных объектов, а также за сброс сточных вод доводятся до плательщиков в совокупности с лимитами водопользования (месячными, годовыми). При превышении этих лимитов ставки платы в соответствии с Законом «О плате за пользование водными объектами» (ст. 4.5) увеличиваются в 5 раз в сравнении с базовым уровнем. Одновременное применение платежей и экологических нормативов является примером совместного использования экономических и административных подходов к управлению природопользованием. И такой порядок призван стимулировать охрану и рациональное использование водных ресурсов. Пользование водными объектами, как и недрами, осуществляется на основе лицензионного договора (разрешения). При его отсутствии ставки платежей также увеличиваются в 5 раз.

Платежи за пользование водными объектами зачисляются в федеральный бюджет и бюджет субъекта РФ в пропорции 40 и 60 % соответственно. Централизуемые в результате этого средства не менее чем на половину должны направляться на мероприятия по восстановлению и охране водных объектов. При этом средства, поступающие в бюджеты субъектов Федерации, могут быть по решению представительных органов этих субъектов полностью или частично перечислены в местные бюджеты с целью расходования на соответствующие водоохранные мероприятия.

Также в России взимается плата за следующие виды загрязнений: выброс в атмосферу загрязняющих веществ от стационарных и передвижных источников загрязнения; сбросы загрязняющих веществ в поверхностные и подземные водные объекты; размещение отходов.

Эти платежи выполняют следующие основные функции: являются важнейшим средством компенсации ущерба, наносимого окружающей среде, здоровью населения и материальным ценностям в результате выбросов (сбросов) вредных веществ и размещения отходов; используются для финансирования природоохранных мероприятий, оздоровления окружающей среды и повышения экологической безопасности производства и потребления; стимулируют соблюдение экологических нормативов и стандартов, а также реализацию природоохранных инвестиций. Порядок установления платы включает три этапа: определение базовых нормативов платы; определение дифференцированных ставок; определение конкретных размеров платежей.

Базовые нормативы определяются по видам загрязняющих веществ или вредных воздействий (шум, вибрация, электромагнитные излучения) с учетом степени опасности для окружающей среды и здоровья населения.

Базовые нормативы платежей по отдельным видам загрязняющих веществ и отходов с учетом степени их опасности для окружающей среды и здоровья населения устанавливаются централизованно федеральным правительством.

Базовые нормативы представлены в двух видах - за выбросы, сбросы, размещение отходов в пределах установленных нормативов, сверх установленных нормативов, но в пределах утвержденных лимитов или временно согласованных выбросов.

Дифференцированные нормативы устанавливаются на основе базовых нормативов, но с поправкой на коэффициенты, учитывающие экологическую ситуацию в регионах. Эти платы рассчитываются путем умножения базовых ставок на региональные экологические коэффициенты, отражающие природно-климатические, экономические особенности и значимость охраняемых объектов (территорий, бассейнов, рек, морей и т.д.).

Конкретные размеры платежей предприятий-загрязнителей определяются местными исполнительными органами с участием органов охраны природы, санэпиднадзора и самого предприятия. С учётом экологической ситуации местные исполнительные органы вправе повышать коэффициенты экологической значимости: в крупных промышленных городах до 20 %, а в зонах экологических бедствий и на особо охраняемых территориях (национальные парки, заповедники, курорты) - 100 %. Эти платежи производятся за счет себестоимости продукции, а за превышение лимитов - за счет прибыли предприятия.

Платежи за загрязнения носят налоговый характер и взимаются в безакцептном порядке. Постановлением правительства разъясняется, что если платежи предприятия равны прибыли или превышают ее, то можно рассматривать вопрос о приостановлении или прекращении деятельности данного хозяйствующего субъекта.