За период 1980—2009 гг. в 2 раза сократились перевозки пассажиров. В общем объеме пассажирских перевозок удельный вес пригородных перевозок составил 90%.

Пассажирские перевозки по отдельным районам неравномерны, поэтому и загрузка железнодорожного транспорта пассажирскими перевозками также неодинакова.

Основная масса пригородных пассажироперевозок приходится на зоны Москвы, Санкт-Петербурга, Самары, Нижнего Новгорода, Екатеринбурга, Ростова-на-Дону и других городов. Наиболее высока их интенсивность в Центральном, Северо-Западном, Уральском районах. В восточных регионах пригородное железнодорожное сообщение развито слабо, за исключением Новосибирска и Владивостока. В дальних перевозках пассажиров преобладающее значение имеют два направления: южное (от Москвы через Черноземный центр на Крым и Кавказ) и восточное (от Москвы через Поволжье, Урал, Сибирь на Дальний Восток). Значительны также пассажиропотоки по направлениям из Москвы к Санкт-Петербургу, в Поволжье и новые независимые государства — Украину, Казахстан, а также в Центральную Азию.

Наиболее густая и разветвленная сеть железных дорог сосредоточена в европейской части России. Она складывалась под влиянием географического положения Москвы, портовых городов на Балтийском и Черном морях, расположения угольной и металлургической баз Украины и Урала. Современная железнодорожная сеть России тесно связана с железными дорогами новых независимых государств. Эти связи нельзя недооценивать.

В центральных районах образовалась радиально-кольцевая система транспортной сети. От Москвы железные дороги лучеобразно расходятся по 12 направлениям, а на некотором расстоянии от нее соединяются кольцевыми линиями.

В Сибири и на Дальнем Востоке железнодорожная есть менее развита, ее конфигурация имеет широтное направление. В постомных районах основная Транссибирская магистраль проходит от Челябинска до Владивостока. Между Западной Сибирью и Уралом через Северный Казахстан проложены параллельные железнодорожные линии — Южно-Сибирская и Средне-Сибирская.

В Восточной Сибири и на Дальнем Востоке завершено строительство Байкало-Амурской магистрали, открывшей второй выход к бассейну Тихого океана. Протяженность трассы от Усть-Кута до Комсомольска-на-Амуре составляет 3145 км.

На западе БАМ соединилась с Транссибирской магистралью участком Уст-Кут—Тайшет, а на востоке ее продолжает дорога Комсомольск-на-Амуре - Советская Гавань. Ответвления от основной трассы свяжут БАМ с районами богатейших природных ресурсов. Так, для перевозки углей Южно-Якутского бассейна и других грузов построена ветка Вам — Тында — Беркакит протяженностью 397 км. Ее продолжением будет линия Беркакит - Томмот — Якутск, а также железнодорожная ветка до Нерюнгринского угольного месторождения.

В Читинской области сдана в эксплуатацию дорога к Чинейскому месторождению титано-магнетитовых руд и строится новая ветка к Удоканскому медно-рудному месторождению. В Республике Саха (Якутия) приступили к прокладке путей к Эльгинскому месторождению коксующихся углей. Освоение этих месторождений позволит увеличить объемы перевозок по БАМу.

Сибирь и Дальний Восток по Транссибу (от ст. Арысь до Новосибирска), Трансказахстанской магистрали (Чу — Астана — Петропавловск) и линии Ташкент — Оренбург имеют транспортно-экономические связи с Казахстаном и странами Центральной Азии.